APRTase tiến hành thông qua cơ chế tuần tự bi-bi, liên quan đến việc hình thành một phức hợp ternary. Enzyme đầu tiên liên kết PRPP, sau đó là adenine. Sau khi biến đổi phosphoribosyl xảy ra, pyrophosphate tách ra trước, tiếp theo đó là AMP. Các nghiên cứu động học chỉ ra rằng biến đổi phosphoribosyl tương đối nhanh, trong khi bước tạo ra sản phẩm (đặc biệt là tạo ra AMP) là bước quyết định tốc độ phản ứng.[7]

Trong APRTase của người, proton N9 của adenine được tách ra bởi Glam104 tạo thành trạng thái chuyển tiếp oxacarbenium. Trạng thái chuyển tiếp này đóng vai trò là tác nhân nucleophil tấn công carbon anomeric của PRPP, tạo thành AMP, thay thế pyrophosphate của PRPP. Cơ chế APRTase thường phù hợp với các PRTase khác, bảo tồn chức năng thay thế α-1-pyrophosphate của PRPP nhờ một nucleophile nitơ, phản ứng theo cơ chế SN1 hoặc SN2.[4]